（一）生態(tài)旅游特殊專項化與經(jīng)濟效益之間的矛盾
大眾旅游不利于生態(tài)環(huán)境的保護，不利于承擔環(huán)境保護的責任，不利于公平分配利益相關(guān)者之間的利益。生態(tài)旅游是實現(xiàn)可持續(xù)旅游的一種發(fā)展模式，比大眾旅游更注重對當?shù)刈匀缓臀幕谋Ｗo、更注重對旅游者的教育，消費高于國內(nèi)大眾旅游的消費水平，是高層次的旅游活動。所以從目前我國的形勢來看，生態(tài)旅游應(yīng)該是特殊專項化的，但特殊專項化能帶來保護資源所需要的大量資金嗎？我國生態(tài)旅游正處于初級發(fā)展階段，各個方面都不成熟，開展還受到諸多限制，其接待人數(shù)、經(jīng)濟收入是主要的考核指標，恐怕真正意義上的生態(tài)旅游難以擔此重任。所以這就造成了生態(tài)旅游特殊專項化與經(jīng)濟效益之間的矛盾。在這方面的案例依據(jù)是國家級重點風景名勝區(qū)張家界武陵源，為了經(jīng)濟利益進行無節(jié)制、超容量的開發(fā)。

（二）生態(tài)旅游地差別迥異，認證標準難以統(tǒng)一
在生態(tài)旅游泛化現(xiàn)象日益嚴重的推動下，不少專家學者投身于生態(tài)旅游的認證和標準的建立，以期能在全國乃至全世界范圍內(nèi)通行，通過此認證標準的就是生態(tài)旅游景區(qū)，打造生態(tài)旅游的示范基地，統(tǒng)一規(guī)范“混亂”的生態(tài)旅游市場。但隨著生態(tài)旅游的發(fā)展，生態(tài)旅游標準的發(fā)展呈現(xiàn)多樣化的特征，認證項目數(shù)量急劇增加，但只有少數(shù)的國際性標準正在形成和推廣。還有很多認證體系是建立在國外經(jīng)典的認證體系基礎(chǔ)上的，但盲目采用舶來發(fā)達國家的標準，不利于我國對生態(tài)旅游的發(fā)展和引導(dǎo)規(guī)范。各個生態(tài)旅游地的資源特色不同，所認證的重點和核心要素不一，很難在全國范圍內(nèi)建立統(tǒng)一的標準。